بورخولدریا مالئی عامل اتیولوژیک بیماری مشترک مشمشه، یکی از خطرناک‌ترین و قدیمی‌ترین بیماری‌های واگیردار در تک‌سمیان است. در حال حاضر ایران به عنوان یکی از کانون‌های بیماری مشمشه در دنیا شناخته شده است. بر این اساس هدف از انجام مطالعه حاضر ردیابی ژنومی بورخولدریا مالئی در نمونه‌های خون اسب منطقه اشنویه، آذربایجان غربی بود. برای انجام این کار تعداد 384 نمونه خون به‌طور تصادفی از اسب‌های مناطق این شهرستان در سال 1399 جمع‌آوری و در اسرع وقت در کنار یخ به آزمایشگاه ارسال شد. بلافاصله به کمک کیت تجاری از همه نمونه‌های خون DNA ژنومی باکتریایی استخراج و کیفیت و کمیت آن با استفاده از نانودراپ سنجیده شد. سپس برای جستجوی ژنومی بورخولدریا مالئی از واکنش زنجیره‌ای پلی مراز بر اساس تکثیر ژن‌های flip و AT5 استفاده‌ شد. نتایج نشان داد که 1/9 درصد از نمونه‌های خون مورد بررسی از نظر وجود بورخولدریا مالئی مثبت بودند. همچنین نتایج نشان داد که جنس حیوان و فصل تاثیری بر تشخیص ژنومی این باکتری در منطقه اشنویه ندارد. نتایج به دست آمده ثابت نمود که آلودگی در دام‌های مسن در مقایسه با دام‌های جوان بالاتر می‌باشد. با توجه به نتایج این مطالعه می‌توان نتیجه گرفت که بورخولدریا مالئی در اسب‌های منطقه اشنویه شایع بوده و بر این اساس گزارش مشمشه حتی بصورت تک‌گیر، هشداری برای نهادهای بهداشتی و مراقبتی است. با توجه به مشکلات تشخیصی سریع و دقیق عامل عفونی مشمشه، شناسایی ارگانیسم در این مطالعه با استفاده از ژن‌های اختصاصی مطابق با استاندرادهای تشخیصی سازمان جهانی بهداشت حیوانات (OIE) با حساسیت و اختصاصیت بالا صورت گرفت.